Abaixo publico um código Perl que divide verticalmente cada página em duas páginas.

Um caminho para o arquivo PDF deve ser fornecido como argumento e o arquivo dividido será criado no mesmo local.

Instale o PDF-API2 (pacote libpdf-api2-perl no Debian/Ubuntu ou perl-PDF-API2 no RHEL/CentOS/Fedora).

split_pdf.pl
#!/usr/bin/env perl
use strict; use warnings;
use PDF::API2;

my $filename = shift || 'test.pdf';
my $oldpdf = PDF::API2->open($filename);
my $newpdf = PDF::API2->new;

for my $page_nb (1..$oldpdf->pages) {
  my ($page, @cropdata);

  $page = $newpdf->importpage($oldpdf, $page_nb);
  @cropdata = $page->get_mediabox;
  $cropdata[2] /= 2;
  $page->cropbox(@cropdata);
  $page->trimbox(@cropdata);
  $page->mediabox(@cropdata);

  $page = $newpdf->importpage($oldpdf, $page_nb);
  @cropdata = $page->get_mediabox;
  $cropdata[0] = $cropdata[2] / 2;
  $page->cropbox(@cropdata);
  $page->trimbox(@cropdata);
  $page->mediabox(@cropdata);
}

(my $newfilename = $filename) =~ s/(.*)\.(\w+)$/$1.clean.$2/;
$newpdf->saveas($newfilename);

___END___

Esse post foi baseado no post em http://snipplr.com/view/18924/split-crop-double-page-pdfs-in-two/